Natsume nasceu numa família de samurais em Edo, atual Tóquio, Japão. Aos dois anos foi entregue pelos pais aos cuidados de outra família, retornando à casa paterna aos nove. Perdeu a mãe aos catorze. Estudioso da literatura tradicional chinesa desde a infância, ingressa na Universidade Imperial (atual Universidade de Tóquio) aos 23 anos para cursar literatura inglesa. Começa, antes mesmo de se formar, a lecionar inglês na Escola Especializada de Tóquio (hoje, Universidade Waseda) e passa a assinar seus escritos com o nome "Soseki" - que, em chinês, significa "incômodo". Crises nervosas o fazem abandonar Tóquio e o prestigioso cargo que possuía. Estabelece-se em Ehime (Shikoku), numa escola secundária. Em 1900, viaja à Inglaterra como bolsista do Ministério da Educação para estudar literatura e ensino da língua inglesa.