Michel Henry nasceu em 10 de janeiro de 1922 em Haïphong, na Indochina Francesa (hoje Vietnã). Após a morte de seu pai, que era um oficial da marinha francesa, sua mãe e ele, então com sete anos de idade, se estabeleceram na França. Enquanto estudava em Paris, Michel Henry descobriu uma verdadeira paixão por filosofia, que o levou ao desejo de torná-la sua profissão.
De junho de 1943 em diante, comprometeu-se com a Resistência Francesa. Depois da Liberação Francesa, foi aprovado no concurso para professor de Filosofia, lecionando de forma intermitente e trabalhando em diversos livros.
Dedicou-se a uma tese, sob a orientação de Jean Hyppolite, Jean Wahl, Paul Ricoeur, Ferdinand Alquié e Henri Gouhier, sobre a filosofia e fenomenologia do corpo. Seu primeiro trabalho significativo publicado foi sobre a essência da manifestação, levando longos anos de pesquisa para superar a principal deficiência de toda a filosofia intelectualista: a ignorância da vida como todos experienciamos.
Michel Henry manteve-se longe de modas filosóficas e de ideologias dominantes. O único assunto de sua filosofia é viver a subjetividade, ou seja, a vida real de pessoas vivas. Esse assunto é encontrado em toda a sua obra e garante sua unidade profunda, apesar da diversidade de temas abordados. Tem sido sugerido que ele propôs a teoria da subjetividade mais profunda do século XX.
Entre 1960 e 1987 foi professor da Universidade de Paul Valéry em Montpellier e professor convidado da École Normale Supérieure e da Sorbonne em Paris, da Universidade Católica de Louvain, da Universidade de Washington e da Universidade de Tóquio. Foi criador de um pensamento filosófico original, denominado fenomenologia da vida. Falecido em 2002, atualmente seus arquivos filosóficos e literários estão disponíveis na Universidade Católica de Louvain.