20th Century Boys é a história de garotos que, no fim dos anos 60, numa brincadeira de infância, imaginaram ser super-heróis e salvar o mundo no futuro, criando um símbolo de sua amizade. Já adultos, eles viram sua imaginação se tornar realidade, embora fossem apenas pessoas comuns enfrentando o mal inexorável. Em 1997, quando começam os presságios do cataclismo iminente, o símbolo daquela amizade ressurge, mas corrompido, trazido à tona por um homem que se identifica como "Amigo", líder de uma seita religiosa, e que planeja, em nome da "Vontade do Cosmo", destruir o mundo.