O futuro da raça humana aguarda debaixo da superfície tranquila de uma cidade do norte do Texas. Após 40 anos, os membros da conspiração global, conhecida apenas como O Projeto, estão prestes a finalizar seus planos. Somente os agentes especiais do FBI, Fox Mulder e Dana Scully, percebem o pesadelo preparado para o mundo todo: uma invasão alienígena engendrada pelo vírus mais devastador da História humana.