Na origem dos personagens, uma estranha substância escorre pelos esgotos, atingindo quatro tartarugas e um rato. Todos passam por uma forte mutação, e adquirem a habilidade de falar e andar em duas patas.
O rato, que é o Mestre Splinter, era mascote de um lutador de ninjitsu e observando decorou todos os movimentos do habilidoso lutador. Ele passa então a treinar as Tartarugas, buscando também vingança contra o assassino de seu mestre, o cruel Retalhador.
As Tartarugas, Leonardo, Michelangelo, Donatello e Rafael, tornam-se lutadoras exímias, passando por grandes aventuras.