O Atlas reúne, além de informações inéditas e fotografias, imagens de satélite e mais de 40 mapas produzidos especialmente para a obra. Cada unidade de conservação é apresentada no âmbito de sua região, porém agrupada dentro de cada categoria a que pertence. As categorias de unidades de conservação federais existentes no país são: parque nacional, reserva biológica, estação ecológica, refúgio de vida silvestre, área de proteção ambiental, área de relevante interesse ecológico, reserva extrativista, floresta nacional e reserva particular do patrimônio natural.