O protagonista é Douglas Harper, ex-policial que trabalha como segurança no Raccoon Hospital. Repentinamente Harper vê-se o único ainda vivo dentro do prédio na cidade infestada de zumbis. Em sua tentativa de fugir da cidade, Harper encontrará dois personagens conhecidos dos jogos: Leon S. Kennedy, policial recém-formado na Academia que vem para Raccoon e é surpreendido pelos acontecimentos, e Claire Redfield, que procura seu irmão, Chris Redfield, oficial do S.T.A.R.S. (Special Tatics And Rescue Service) que, assim como Jill Valentine, foi afastado por fazer acusações contra a poderosa Umbrella Corporation. Além dos zumbis e monstros, frutos da infecção da população de Raccoon City pelo T-Virus, os heróis também terão que enfrentar dois antagonistas: William Birkin, a conhecida versão moderna de “O Médico e o Monstro”, que neste roteiro é o recém-nomeado diretor do Raccoon Hospital, além de brilhante pesquisador da Umbrella, e Brian Irons, misterioso chefe de polícia de Raccoon. Para piorar, Harper e os demais sobreviventes terão que fugir do terrível T-00 (Mr. X), mutante presente nos jogos, enviado para Raccoon pela Umbrella com o propósito de tomar algo pertencente ao doutor Birkin.