A princípio conta a história da última Guerra Santa contra Hades, ocorrida em 1743, do ponto de vista de Dohko de Libra e Shion de Áries.
A partir do cápitulo 14 começa a contar a história da saga do céu, depois da batalha de Hades, onde Seiya está à beira da morte e Atena procura sua irmã Artêmis para salvá-lo. Descobrindo então que somente o Deus Cronos, o Deus do tempo, pode a ajudar, Athena volta ao tempo para tentar destruir a espada de Hades e então salvar Seiya.