Desgraçados é composto por uma série de pequenos episódios e vários personagens, destacando-se e servindo como fio condutor as desventuras de Jesus, um homem ingênuo e bem-intencionado que procura resgatar sua amada Elizabeth do vício das drogas. Fechando um doentio triângulo amoroso, há o personagem de Leviatan, um homem absolutamente inescrupuloso que explora Elizabeth e atormenta Jesus.
O clima das histórias é pesadíssimo. Há diversas releituras de elementos religiosos, que servem de base para retratar seitas macabras e rituais marcados por mutilações, perversões e violências diversas. Através dos ataques à religião, o autor também constrói uma crítica a respeito do saber científico.