Em uma Edo que foi conquistado por alienígenas chamados Amanto, a trama segue a vida do ponto de vista do samurai Sakata Gintoki, que trabalha como faz-tudo ao lado de seus amigos Shimura Shinpachi e Kagura, a fim de pagar o aluguel mensal. Sorachi acrescentou o cenário de ficção científica para desenvolver personagens à seu gosto, após seu editor sugerir ser feita uma série histórica.
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