Rio de Janeiro, ano de 2065. Um jornalista resolve investigar a verdade sobre uma misteriosa experiência científica do passado que envolveria uma viagem no tempo para a época de Jesus Cristo. Entrevistando os principais envolvidos, descobre fatos que foram presenciados pelos viajantes, e então parte para a Amazônia com um dos cientistas em busca de provas que teriam sido trazidas do passado e que estariam lá, escondidas em uma perigosa e estranha caverna. Eles são perseguidos por agentes da Igreja Católica que precisam destruir tais provas e acabar definitivamente com o que foi chamado de 'Projeto Messias', assassinando seus últimos sobreviventes. 'Flashes' mostram o que aconteceu na expedição à Palestina do passado e explicam a história sob uma ótica científica, enquanto no futuro, uma conspiração se descortina, envolvendo governos, militares, agências de espionagem, contatos com alienígenas e até a Maçonaria.