Kenshin decidiu ir atrás de Makoto Shishio, um ex Retalhador que pretende derrubar o Governo Meiji e tomar o poder do Japão. Ao lado de Battousi, entra nas batalhas de Hajime Saito. Apesar dos dois não se entenderem bem, decidiram se aliar para deter Shishio. Mas a decisão de Kenshin teve consequências profundas nas vidas de seus amigos: Kaoru, após a despedida do Andarilho, cai em uma profunda depressão. Já Sanosuke ficou revoltado com o amigo por tê-lo deixado de lado nas lutas contra Shishio. E Yahiko também não ficou contente com a atitude de Kenshin. Por causa disso, ele e Sano pretendem ir atrás de Battousai. Além disso, essa edição se Samurai X marca a entrada de uma nova personagem importante: Misato, uma garota que foi criada por Aoshi, inimigo de Kenshin.