A história de Mushishi gira em torno de criaturas chamadas "Mushi", que costumam ser fontes de poderes sobrenaturais.
Poucas são as pessoas que conseguem percebê-los. Ginko, o personagem principal, é uma dessas pessoas.
Ginko vaga pelo mundo sob a alcunha de "Mushishi", ajudando as pessoas que sofrem com os "Mushi" e sempre procurando novos tipos dessa criatura mística.
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