Na cor dos seus olhos conta a historia de um jovem rapaz de 14 anos de idade chamado Bruno, que acaba de se mudar para o outro lado da cidade de São Paulo, deixando tudo para trás, incluindo suas amizades, fazendo com que essa transição seja difícil para ele. Em um lugar novo e uma escola totalmente nova, Bruno começa uma busca por novas amizades e quem sabe novos amores, porem uma vastidão de acontecimentos ocorrem e a sua vida toma outro rumo, envolvendo outras pessoas; sendo uma delas Thalita Lopes e seu melhor amigo Erick.