Makoto Shishio pretende derrubar o governo Meiji e tomar controle do Japão. Para tanto, o ex-Retalhador conta com um verdadeiro exército a se serviço e está determinado a alcançar seu objetivo custe o que custar. A paz está ameaçada e a sombra de uma nova guerra paira sobre o arquipélogo nipônico. Já Kenshin irá se encontrar pela primeira vez com os comandados de Shishio.
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