Graduou-se em Filosofia (1964) e Direito (1965) na Universidade Federal do Rio Grande do Sul, fez doutorado em Filosofia pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1968), pós-doutorado pela Universidade de Erlangen-Nuremberg (1972), pós-doutorado pela Universidade de Heidelberg (1981), pós-doutorado pela Universidade de Freiburg (1990), pós-doutorado pela Universidade de Frankfurt (1992), pós-doutorado pela Universidade de Münster (1995) e pós-doutorado pela Universidade de Wuppertal (2000).
Ernildo Stein lecionou na Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Atualmente é professor da Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. É um dos mais importantes pesquisadores brasileiros sobre Filosofia, com ênfase em Filosofia Contemporânea. Atuando principalmente nos seguintes temas: Fenomenologia, Antropologia, Heidegger, Círculo hermenêutico, Método.