Natural de Alagoas, Brandão graduou-se em filosofia pela Universidade Federal de Pernambuco, em 1971. Atuou como jornalista e militou no Partido Comunista Brasileiro (PCB) sendo o primeiro editor do jornal Voz da Unidade, publicação do partido que ajudou a fundar. Também chegou a trabalhar como editorialista do jornal Folha de S.Paulo, no início dos anos 1980. Em São Paulo desde o fim dos anos 1970, deixou a militância política para se dedicar à carreira acadêmica. Lecionou na Universidade Estadual Paulista, na Pontifícia Universidade Católica de São Paulo e na USP, na qual concluiu doutorado em 1992. Sua tese de doutoramento deu origem ao livro A Esquerda Positiva (As Duas Almas do Partido Comunista, 1920-1964) (Hucitec, 1997).
Foi bastante influenciado pelas ideias do italiano Antonio Gramsci (1891-1937), as quais, ao lado de intelectuais como Carlos Nelson Coutinho, Leandro Konder e Luiz Werneck Vianna, reelaborou para desenvolver um conceito de esquerda democrática que se adequasse ao Brasil. Entre 1995 e 1996, passou uma temporada nos EUA, na Universidade de Pittsburgh, onde concluiu um pós-doutorado em teoria política. De lá trouxe as ideias que acabariam marcando a última fase de sua carreira e que resultaram em sua principal obra, "Linhagens do Pensamento Político Brasileiro" (Hucitec, 2007). Trata-se de um grande programa de estudos que pretende traçar a genealogia das ideias políticas no Brasil desde o século 19 até hoje. O pressuposto é o de jamais desvincular a matriz de pensamento do contexto histórico particular em que ela vem: "Nenhuma grande constelação de ideias pode ser compreendida sem levar em conta os problemas históricos aos quais tenta dar respostas e sem atentar para as formas específicas em que é formulada e discutida; ao mesmo tempo que nenhuma grande constelação de ideias pode ser inteiramente resolvida em seu contexto".