Fleur Jaeggy nasceu em 1940 na cidade suíça de Zurique. Sua língua materna é o italiano e esta é a língua em que escreve seus livros.
Depois de estudar em diferentes colégios internos na Suíça, Jaeggy mudou-se para a Itália, onde mora há mais de trinta anos. Ela inicialmente se estabeleceu em Roma, onde se envolveu com Thomas Bernhard e estabeleceu uma grande amizade com o escritor austríaco Ingeborg Bachmann; Anos depois, mudou-se para Milão e começou a colaborar com a editora Adelphi.
Fleur Jaeggy combinou a escrita de seus livros com a tradução de autores como Robert Walser, Marcel Schwob, Robert Schumann, Thomas de Quincey e John Keats. Seu trabalho, semeado com prêmios literários, atraiu a atenção de críticos especializados, que lhe deram o status de escritora cult. Com seu jeito de escrever, preciso, purificado e despojado de tudo que é supérfluo, Jaeggy cria uma atmosfera íntima, embora tremendamente cruel e distante, na qual respirava emoções contidas, estáticas, silenciosas e poderosas. Muitas vezes seus textos foram definidos como "romances metafísicos", onde a ação ocorre dentro de seus protagonistas. Esta autora é, para muitos, a escritora italiana contemporânea de maior importância.
Alcançou o sucesso com I beatti anni del castigo, que foi vencedor do Prêmio Bagutta em 1990. Seu romance Proleterka recebeu o Prêmio Viareggio 2002.
Ela é casada com o escritor e editor Roberto Calasso.