Nascido em São João do Peso, no concelho de Vila de Rei, filho de José António Neves e de sua mulher Maria Sofia Cardoso Pires, ele daí natural e ela de Cardigos, em Mação, foi muito cedo para Lisboa com pais, ele Oficial da Marinha Mercante, ela dona de casa, a irmã, Maria de Lurdes Neves Cardoso Pires (5 de Outubro de 1927) e o irmão, António Nuno Cardoso Pires Neves (13 de Junho de 1931 - 9 de Abril de 1953).
Entre 1935 e 1944 frequentou o Liceu Camões, onde teve como professores Rómulo de Carvalho e Delfim Santos, iniciando, de seguida, uma nunca terminada licenciatura em Matemáticas Superiores, na Faculdade de Ciências.
Em 1945 alista-se na Marinha Mercante, como praticante de piloto sem curso, actividade que abandona compulsivamente, «suspeito de indisciplina e detido em viagem do navio Niassa» (c.f. auto da Capitania do Porto de Lisboa, de 02-02-1946).
Já depois de optar pela carreira de jornalista, veio a assumir a direcção das Edições Artísticas Fólio, onde Aquilino Ribeiro publicou O Retrato de Camilo, e onde lançou a colecção Teatro de Vanguarda, que contribuirá para a revelação em língua portuguesa de obras de Samuel Beckett, William Faulkner e Vladimir Maiakovski. Em 1959 foi para Itália, afim de estagiar na revista Época, de Milão, preparando-se para a publicação de um semanário em termos semelhantes ao da Época, que a censura impediu. Entretanto conseguiu lançar a revista Almanaque, cuja redacção integrou figuras como Luís Sttau Monteiro, Alexandre O'Neill, Vasco Pulido Valente, Augusto Abelaira e José Cutileiro. Foi ainda cronista do Diário de Lisboa, da Gazeta Musical e de Todas as Artes e da Afinidades.
Em 1953, morre o seu irmão num acidente de aviação em cumprimento do serviço militar, quando o Harvard T6 em que treinava se incendiou em pleno voo acabando por cair e explodir. Dez anos mais tarde, Cardoso Pires dedica-lhe «in memoriam» o romance O Hóspede de Job como protesto contra a guerra fria e a colonização militares.
A 8 de Julho de 1954 casou com Maria Edite Pereira (5 de Janeiro de 1932), Enfermeira, da qual teve duas filhas, Ana Cardoso Pires (4 de Setembro de 1956), casada e mãe de uma filha Joana (7 de Novembro de 1982) e um filho Rui (13 de Março de 1985) Cardoso Pires Tavares, e Rita Cardoso Pires (22 de Novembro de 1958), solteira e sem geração.
Unanimemente considerado um dos maiores escritores portugueses do século XX, numa galeria onde podemos encontrar nomes como José Saramago ou António Lobo Antunes, a sua carreira literária está marcada pela inquietação e pela deambulação. Autor de dezoito livros, publicados entre 1949 e 1997, não se identifica com nenhum grupo, nem se fixa em nenhum género literário, apesar de ser considerado sobretudo como um romancista. A sua relação mais duradoura no campo literário deu-se com o movimento neo-realista português, até ao 25 de Abril de 1974, justificada com a oposição ao regime autoritário português. A inserção da sua obra no neo-realismo é, por essas razões, contraditória. Frequentou também os grupos surrealistas, no início da década de 1940. Foi influenciado pela estética de Hemingway, pela narrativa cinematográfica, o que resulta em discursos curtos e diálogos concisos.
O Delfim, de 1968, é geralmente considerado a sua obra-prima, em que o narrador assume uma condição de forasteiro, aparentemente descomprometido com uma realidade anacrónica. A Gafeira, aldeia inexistente do distrito de Leiria, simboliza o Portugal marcelista, com um crime no centro da história. Tendo sido recebido, até 1974, como romance neo-realista, tem despertado um interesse crescente como narrativa pós-modernista. Pode efectivamente ser lido como o primeiro romance português no qual confluem as principais linguagens estéticas norteadoras do futuro pós-modernismo português devido à mistura de géneros, à polifonia, à fragmentação narrativa e à metaficção.
A 1 de Outubro de 1985 foi feito Comendador da Ordem da Liberdade e a 4 de Fevereiro de 1989 foi agraciado com a Grã-Cruz da Ordem do Mérito.[1]
Foi sepultado em 1998 no Talhão dos Artistas do Cemitério dos Prazeres, em Lisboa. No âmbito do programa que evocou o 10.º aniversário da morte de José Cardoso Pires, a Videoteca da Câmara Municipal de Lisboa produziu uma curta-metragem intitulada Fotogramas Soltos das Lisboas de Cardoso Pires, realizada por António Cunha.