Nasceu em Turim, em 1939, filho do professor e tradutor Leone Ginzburg e da romancista Natalia Ginzburg. Durante duas décadas, foi professor de história moderna na Universidade da Califórnia em Los Angeles; em 2006 voltou à Itália para lecionar na Scuola Normale Superiore de Pisa.
Atento especialista das atitudes e crenças religiosas populares do início da época moderna, publicou em 1966 Os andarilhos do bem, um estudo sobre a sociedade camponesa de Friul do século XVI, no qual ilumina, tendo como base um tipo de documentação relacionada a processos inquisitoriais, a relação dialética entre um complexo sistema de crenças amplamente disseminadas no mundo rural, resultado da evolução de um antigo culto agrário, e sua interpretação pelos inquisidores que tendiam a equipará-las a formas codificadas de bruxaria. Tornou-se mundialmente conhecido com a obra O queijo e os vermes, que abordava a vida de um camponês em Montereale Valcelli na, Itália. Em História noturna, ele traça um caminho complexo desde a caça às bruxas até uma grande variedade de práticas que evidenciam substratos de cultos xamânicos na Europa.