Alain-Fournier nasceu em Chapelle-d”Angillon, Cher départment, no centro da França, filho de um professor de escola. Passou sua infância em Sologne e em Bas-Berry, Epineuil-le-Fleuriel. Posteriormente foi para Brest, preparando-se para o concurso da Escola Naval, mas desistiu, indo a Bourges, iniciando-se nos estudos literários no “Lycée Lakanal”, em Sceaux, perto de Paris, onde se preparou, sem sucesso, para o concurso da “École Normale Supérieure”. No Liceu Lakanal encontrou Jacques Rivière, com quem estabeleceu uma profunda amizade, e que se casou com sua irmã Isabelle, em 1909.
Para fazer dois anos de serviço militar, interrompeu seus estudos em 1907, e não mais os retomou. Publicou alguns textos, poemas, ensaios, contos, reunidos em uma coleção denominada Miracles. Posteriormente, elaborou a obra que o tornaria célebre: em junho de 1905, durante um breve passeio no cais do Sena, Alain-Fournier encontrou Yvonne de Quiévrecourt, o grande amor de sua vida. Na verdade, tal encontro não teve nenhum resultado ou continuação, pois se encontraram apenas oito anos mais tarde, ela já era casada e mãe de dois filhos; no entanto, tal amor inspirou a personagem Yvonne de Galais no romance Le Grand Meaulnes (no Brasil: "O Bosque das Ilusões Perdidas") de 1913.
Em 1910, em Paris, começou carreira de crítico literário, escrevendo para o Paris-Journal. Em 1912, deixou tal trabalho para se tornar assistente pessoal do político Casimir Perrier. Em 1913 rterminou “Le Grand Meaulnes”, e foi primeiramente publicado na “Nouvelle Revue Française” (de julho a outubro de 1913), e depois como um livro. “Le Grand Meaulnes” foi indicado, mas não recebeu, o “Prêmio Goncourt”. Foi traduzido para o inglês em 1959, por Frank Davison, para a Oxford University Press.
Em 1914, Alain-Fournier trabalhou em seu segundo romance, "Colombe Blanchet", mas não o terminou, pois se reuniu à campanha de mobilização do 288e régiment d'infanterie. Fournier desapareceu durante o combate de Les Éparges, perto de Verdun (Meuse), em 22 de setembro de 1914, num dos primeiros enfrentamentos da Primeira Guerra Mundial (a imprensa reportou a data como 26 de setembro, de acordo com o Estado Maior). Henri Alban Fournier foi oficialmente declarado morto, na França, em junho de 1920, por um julgamento do tribunal civil, mas seu desaparecimento misterioso sempre inspirou o imaginário popular. O que se cogitava é que, numa operação de reconhecimento, fora atingido por uma bala na cabeça, no bosque de Saint-Rémy, em Meuse, na França. Sua morte, porém, tal como seu romance, era cercada de mistério, pois o corpo não fora encontrado. Seu corpo só foi identificado em 1991, a algumas centenas de metros da Tranchée de Calonne.