"Surge mais uma jovem para pilotar o EVA-02, diretamente da Alemanha: Asuka Langley Soryu. De temperamento forte, ela logo entra em ação e mostra muita destreza ao derrotar um Anjo e ajudar Shinji e seus amigos em uma briga de rua. Porém, ao combater outro Anjo com o poder de se duplicar, Asuka se dá conta de que não poderá vencer sozinha..."
Na virada do milênio, um meteoro caiu na Terra, exterminou uma grande parte da população mundial e causou alterações drásticas no clima e na rotação do planeta. Como catástrofe e conspiração são palavras que sempre andam lado a lado, o povo é enganado. O tal meteoro sequer caiu sobre a Terra. O que as pessoas batizaram como segundo impacto(uma referência ao evento similar que, supostamente, extinguiu os dinossauros do planeta, há milênios) foi, na verdade, o despertar de uma misteriosa criatura, chamada de Anjo.
O problema é que, 15 anos depois, os Anjos atacam Tokyo-3, a cidade-fortaleza que se tornou o principal centro de defesa da população japonesa. Os únicos capazes de detê-los atendem pelo nome EVA. São gigantescos robôs desenvolvidos pela Nerv, uma organização militar a serviço das Nações Unidas. Mas estas verdadeiras máquinas de combate só funcionam se forem pilotadas por crianças com dons especiais.