Agamben foi educado na Universidade de Roma, onde em 1965 escreveu uma tese laurea inédita sobre o pensamento político de Simone Weil. Agamben participou dos seminários Le Thor de Martin Heidegger (sobre Heráclito e Hegel) em 1966 e 1968. Na década de 1970, trabalhou principalmente com linguística, filologia, poética e tópicos da cultura medieval. Nesse período, Agamben começou a elaborar suas preocupações primárias, embora seus rumos políticos ainda não estivessem explícitos. Em 1974-1975 foi fellow do Warburg Institute, University of London, por cortesia de Frances Yates, a quem conheceu por intermédio de Italo Calvino. Durante esta bolsa, Agamben começou a desenvolver seu segundo livro, Stanzas (1977).
Agamben esteve próximo dos poetas Giorgio Caproni e José Bergamín, e da romancista italiana Elsa Morante, a quem dedicou os ensaios "A Celebração do Tesouro Escondido" (em O Fim do Poema) e "A Paródia" (em Profanações). . Foi amigo e colaborador de eminentes intelectuais como Pier Paolo Pasolini (em cujo O Evangelho Segundo São Mateus fez o papel de Filipe), Italo Calvino (com quem colaborou, por um curto período, como assessor do editora Einaudi e desenvolveu planos para uma revista), Ingeborg Bachmann, Pierre Klossowski, Guy Debord, Jean-Luc Nancy, Jacques Derrida, Antonio Negri, Jean-François Lyotard e muitos, muitos outros.
O pensamento político de Agamben foi fundado em suas leituras da Política de Aristóteles, da Ética a Nicômaco e do tratado Sobre a Alma, bem como nas tradições exegéticas sobre esses textos na Antiguidade Tardia e na Idade Média. Em sua obra posterior, Agamben intervém nos debates teóricos que se seguiram à publicação do ensaio de Nancy La communauté désoeuvrée (1983) e da resposta de Maurice Blanchot, La communauté inavouable (1983). Esses textos analisavam a noção de comunidade em um momento em que a Comunidade Européia estava em debate. Agamben propôs seu próprio modelo de comunidade que não pressupunha categorias de identidade em The Coming Community (1990). Nessa época, Agamben também analisava a condição ontológica e a atitude “política” de Bartleby (do conto de Herman Melville) – um escrivão que “prefere não” escrever.
Atualmente, Agamben leciona na Accademia di Architettura di Mendrisio (Università della Svizzera Italiana) e lecionou na Università IUAV di Venezia, no Collège International de Philosophie em Paris e na European Graduate School em Saas-Fee, Suíça; anteriormente lecionou na Universidade de Macerata e na Universidade de Verona, ambas na Itália. Ele também ocupou cargos de visita em várias universidades americanas, desde a University of California, Berkeley, até a Northwestern University, e na Heinrich Heine University, Düsseldorf. Agamben recebeu o Prix Européen de l'Essai Charles Veillon em 2006.
Em 2013, ele recebeu o Prêmio Dr. Leopold Lucas da Universidade de Tübingen por seu trabalho intitulado Leviathans Rätsel (Leviathan's Riddle, traduzido para o inglês por Paul Silas Peterson)