J. Malvar Fonseca é médico pela Pontifícia Universidade Católica de São Paulo (1963), especializado em psicopatologia geral e psiquiatria forense, tendo trabalhado no Manicômio Judiciário de Franco da Rocha. Foi também professor na Universidade Federal de São Paulo. Ordenou-se sacerdote em 1973 e no ano seguinte doutorou-se em Teologia Moral na Universidade de navarra. Com exceção dos anos acadêmicos passados em Roma e Pamplona, desenvolveu as suas atividades nos meios universitários e operários de São Paulo, Rio de Janeiro e Curitiba.