Marcos Nogueira Eberlin, mais conhecido como Marcos Eberlin, (Campinas, 4 de março de 1959) é um químico brasileiro, cientista, ex-professor do Instituto de Química da Universidade Estadual de Campinas. É membro da Academia Brasileira de Ciências e recebeu a Ordem Nacional do Mérito Científico em 2005. Em 2016 Eberlin recebeu a Medalha Thomson.
Ele é um membro fundador e participa do comitê executivo da Sociedade Internacional de Espectrometria de Massas (IMSS) e da Fundação Internacional da Espectrometria de Massa (IMSF, International Mass Spectrometry Foundation), na qual representa a Região D (América do Sul e Central). Foi presidente da IMSF de 2009 a 2014 e é também diretor-fundador da Sociedade Brasileira de Espectrometria de Massas (BrMASS). Coordena o Laboratório ThoMSon de Espectometria de Massa na UNICAMP e é editor associado do Journal of Mass Spectrometry.