Protógenes ficou conhecido nacionalmente durante o comando da Operação Satiagraha desde seu início até 14 de julho de 2008. Nessa operação, investigou desvios de verbas públicas, crimes contra o sistema financeiro, corrupção e lavagem de dinheiro. Resultou na prisão, determinada pela 6.ª Vara da Justiça Federal em São Paulo, de vários banqueiros, diretores de banco e investidores, em 8 de julho de 2008, entre os quais o banqueiro Daniel Dantas, do Banco Opportunity, além do ex-prefeito Celso Pitta e do investidor Naji Nahas.