Filho do pintor e poeta Antonio Ruju, após formar-se em arquitetura pelo Politécnico de Turim, aproxima-se do mundo do cinema e do teatro como ator, dedicando-se então principalmente à dublagem de personagens.
Em 1995 juntou-se ao staff dos autores de Dylan Dog, escrevendo um pequeno episódio para o Gigante n.4, tornando-se logo uma das assinaturas conhecidas pelos leitores. Mais tarde, foi encarregado dos roteiros das histórias dos álbuns de Nathan Never, Martin Mystère, Dampyr e Tex. Novamente para a Sergio Bonelli Editore, criou a minissérie em 18 episódios chamada Demian, publicada de maio de 2006 a outubro de 2007; e a mini, também em 18 episódios, chamada Cassidy, a partir de maio de 2010.
Em 2010, Bonelli também foi o roteirista mais publicado do ano, com 1.604 páginas e quatro séries em seu currículo. Em 2012 foi o autor e roteirista do thriller interativo "The House of Mystery", o primeiro exemplo italiano de um filmgame publicitário, como parte da campanha Vigorsol Mystery. Dois anos depois, foi-lhe confiado o roteiro da 29ª Speciale Tex. Com o designer Giovanni Freghieri , criou a minissérie de 4 episódios Hellnoir, em 2015.
Em 2016, publicou seu primeiro romance para Edizioni E/O, finalista do Prêmio Scerbanenco. Em 2017, 2018 e 2021 também publicou livros, todos têm o repórter Franco Zanna como protagonista.
Desde 2021 é idealizador e diretor do festival de cultura noir Dora Nera, em Turim.