Jornada de África tem como cenário a Guerra Colonial, traçando uma fotografia dos traumas e dúvidas provocadas por esta em Portugal na década de 1960. O livro descreve a situação de Portugal como um país de contradições, em plena ditadura salazarista, onde o medo dominava o sentimento popular ("A medo se falava, a medo se regressava de noite a casa, a medo se acordava, a medo se dormia, a medo o amor, a medo tudo"), mas também um país onde nasciam novos costumes ("não admira que os hábitos tivessem mudado. As raparigas entregavam a virgindade sem cálculo nem resistência. De certo modo era um desafio, uma forma de camaradagem") e a oposição ao regime. Sebastião, o protagonista, era um opositor ao regime, que viria a amar Bárbara, ela própria militante pela independência de Angola, logo sua inimiga.. Combatiam também contra esse regime os independentistas. Ao longo da obra é estabelecido um paralelo com a obra homónima de Jerónimo de Mendonça (Jornada de África, de 1607) que narra a batalha de Alcácer-Quibir.
Além de Sebastião, surge também o escritor, com o nome Jerónimo de Mendonça, e todos os conspiradores têm nomes mencionadas na obra que retrata o desastre de Alcácer-Quibir. Sebastião apercebe-se rapidamente das coincidências que se prolongam ao longo da obra (Luís de Brito, soldado que combateu ao lado de Sebastião antes deste desaparecer é também o nome do último homem que viu el rei D. Sebastião vivo). Todo o livro é, assim, uma enorme metáfora e, simultaneamente, uma fotografia da crueldade de uma guerra à qual o protagonista e o autor têm dificuldade em compreender as razões que os levam a combater. Sobre este aspecto é de salientar as características autobiográficas da obra : Manuel Alegre foi também um milíciano na Guerra Colonial e um desertor (Sebastião desaparece: alguns questionam se terá morrido ou desertado), o que o levou ao posterior exílio. A linguagem utilizada é de grande beleza e mestria, sendo possível notar com clareza de que se trata de um romance escrito por um poeta, integrando algumas das mais belas e incisivas descrições de Portugal da década de 1960. Jornada de África é considerada uma obra diferente abordando corajosamente um dos temas mais melindrosos da História de Portugal do século XX.