Em um colégio onde os estudantes possuem uniformes que dão a eles poderes e habilidades especiais, a presidente do conselho estudantil, Kiryuin Satsuki sendo a mais forte e habilidosa toma a liderança da escola. Entretanto, uma nova estudante chamada Matoi Ryuko fica em seu caminho, decidida a descobrir quem é a misteriosa pessoa que causou a morte de seu pai, ela terá a ajuda de um estranho uniforme, que tem vida própria.
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