Esta história acontece na mesma História original do anime de Code Geass, mas em um período de tempo diferente. O personagem que deu nome ao título, Renya, é um garoto de 17 anos com o braço esquerdo mecânico e shurikens como sua arma de escolha. A história começa quando Renya encontra uma bruxa eternamente jovem chamada "Reifu C.C". C.C. apareceu na era Edo japonesa para procurar uma nova pessoa com quem fazer um contrato. Enquanto isso, um homem misterioso, incrivelmente parecido com o personagem Lelouch do anime, aparece com intenções desconhecidas.