Na terceira temporada é apresentado Sinyaya, um dos três Sandys que ensina uma técnica a Raruto. Há também a final do exame Super-Ninja, mas é interrompido pela invasão da aliança das aldeias escondidas de Lama e Música. Na invasão, Chochimaru fica em terceiro lugar, mas não antes de perder o dedo mínimo e anel após a invasão. A temporada termina com o funeral de Carasimio.