Pierre Aronnax è un docente universitario di storia naturale a Parigi , famoso per la sua opera sulla vita sottomarina. Prende parte insieme al suo servo e al fiociniere Ned Land a una spedizione per liberare definitivamente i mari da un misterioso mostro marino che affonda le navi. I tre si imbattono nella creatura nel mezzo del mar del Giappone e durante lo scontro vengono scaraventati in acqua riuscendo a salvarsi rifugiandosi su quella che ,sembrava un’isola galleggiante, ma in realtà scoprono essere il famigerato mostro. Scopriranno che di mostro non si tratta, ma del sottomarino Nautilus, mezzo sconosciuto in quel tempo, nel quale saranno per così dire ospiti del capitano del vascello , Nemo. Nonostante i continui tentativi di fuga da parte del protagonista , i personaggi visiteranno Atlantide, combatteranno contro calamari giganti, navigheranno sotto il canale di Suez e verranno a conoscenza delle meraviglie del mondo sottomarino imparando a conoscere la strana indole di Nemo, chiuso in sé stesso e astioso verso il mondo terreno.