O pai de Eugenie foi Ernst John, um pintor de retratos, e sua madrinha foi a Princesa Matilde von Schwarzburg-Sondershausen, que a mandou a Viena para estudar música. Entre 1844 e 1846, estudou no Conservatório de Viena, mas a sua primeira apresentação não obteve sucesso. Começou a ter deficiência auditiva, supostamente de origem psicossomática, e viveu na corte por 11 anos, como dama de companhia da Princesa Matilde.
Em 1863, os problemas financeiros da corte levaram à demissão de Eugenie, que se retirou para Arnstadt, para viver com a família de seu irmão Alfred, professor em Arnstadt. Iniciou então sua carreira literária, inspirada pelo fato de ter sido a autora da correspondência da Princesa Matilde.
Eugenie nunca foi casada. Seus romances foram escritos na sua moradia Villa Marlitt, construída em Arnstadt, para a qual ela se mudou com seu pai em 1871. Nos últimos anos de vida passou a sofrer de artrite, vivendo em uma cadeira de rodas. Eugenie morre em Arnstadt, em 22 de junho de 1887.