O Império Romano desmorona-se, fanáticos da nova religião perseguem de um modo cruel e implacável aos defensores da Sabedoria Antiga. As Escolas de Mistérios agonizam e existe uma luta feroz entre as seitas religiosas cristãs. A jovem Hipátia de Alexandria percorre os santuários iniciáticos do Nilo procurando-se a si mesma, bebendo nos mananciais do saber vivo. Continua a sua aprendizagem com o filósofo Plutarco, em Atenas, e finalmente volta à sua cidade natal para abrir uma Escola de Filosofia. O templo de Serápis é destruído, e com ele, são assassinados os últimos sacerdotes iniciados de Alexandria. O exemplo de vida e os ensinamentos de Hipátia são como uma alegre luz de uma chama que, nas trevas da razão, convoca os últimos idealistas e apaixonados pela verdade, mas além dos fanatismos que fazem sucumbir a cidade e o mundo. Mas ela e a sua Escola serão um obstáculo para a ambição insaciável do patriarca cristão Cirilo.