O Tractatus combina crítica bíblica, filosofia política e filosofia da religião com os germes da metafísica em desenvolvimento de Spinoza. Os primeiros capítulos podem ser vistos como a culminação do ceticismo de longa data de Spinoza em relação à Bíblia. Os temas de que a Bíblia não é historicamente precisa, que está cheia de inconsistências e que parte de seu conteúdo pode ser explicado por meio do estudo científico da linguagem, história e crenças dos tempos passados ââprovavelmente datam do período anterior à excomunhão de Spinoza. Os primeiros sete capítulos, em particular, contêm muitos empréstimos do teólogo francês Isaac La Peyrère e do Livro III do Leviatã (1651), do filósofo inglês (e ateu) Thomas Hobbes.
Spinoza nega que os profetas judeus possuíssem qualquer conhecimento além do dos mortais comuns, e ele nega que a história dos judeus seja mais extraordinária do que a de outros povos. Ele afirmou que muito do conteúdo da Bíblia foi determinado pelas peculiaridades da história hebraica desde a época do Êxodo. Os rituais específicos que descreve eram relevantes para as circunstâncias em que os antigos hebreus se encontravam, mas não faziam mais sentido na era moderna; portanto, a lei cerimonial dos antigos hebreus poderia ser desrespeitada. Embora a maior parte da discussão diga respeito ao judaísmo e à Bíblia hebraica (Antigo Testamento), Spinoza também indica brevemente que a lei cerimonial cristã também é determinada historicamente e, portanto, não é obrigatória para o crente moderno. Ele cita em apoio à sua conclusão o fato de que os cristãos holandeses no Japão estavam dispostos a deixar de lado toda a sua parafernália religiosa e praticar durante suas visitas comerciais ao país.
Um lado mais radical da visão de Spinoza emerge em sua discussão sobre a lei divina e as escrituras. Segundo Spinoza, a lei divina é necessária e eterna; não pode ser mudado por nenhuma ação humana ou divina. Portanto, os milagres, que por definição são violações das leis da natureza divinamente criadas, são impossíveis. Os supostos milagres devem ter uma explicação racional e científica, e qualquer um que acredite na realidade dos milagres é, portanto, simplesmente ignorante. Os desenvolvimentos científicos explicarão todos os supostos milagres uma vez que todas as leis da natureza tenham sido descobertas.
Spinoza zomba daqueles que reinterpretam as escrituras para ver nela uma mensagem racional - como fez Moses Maimônides -, bem como daqueles que aceitam sua irracionalidade com base na fé. Em vez disso, deve-se dispensar a visão de que as escrituras são um documento divino e simplesmente aceitá-las como um documento histórico.
Essa linha de pensamento leva Spinoza a afirmar que a mensagem das escrituras não se encontra em nenhuma coleção de pergaminhos antigos, mas sim no espírito que os permeia. Ele reduz essa mensagem a um simples conjunto de proposições que qualquer pessoa racional poderia determinar por si mesma: que Deus existe, que Deus causa tudo e que uma pessoa deve tratar os outros como gostaria que os outros a tratassem.
A abordagem científica de Spinoza às escrituras tem implicações para sua visão das origens das sociedades políticas na história humana. De acordo com ele, estas se desenvolvem não a partir de forças sobrenaturais, mas em resposta às necessidades e valores humanos. Spinoza aceitou a visão de Hobbes sobre a justificação da autoridade política: as pessoas cedem seu próprio poder a um soberano para se preservarem da violência e do caos que devem acompanhar um estado de natureza. Numa sociedade assim constituída, a religião pode desempenhar um papel significativo na promoção da obediência das pessoas ao soberano. Propõe uma ampla tolerância com as diferentes religiões, desde que ajudem a tornar o povo obediente e desde que estejam subordinadas ao Estado.
Spinoza insiste que a obrigação de obedecer ao soberano é absoluta; o povo não tem direito de se rebelar em nenhuma circunstância, não importa o quão mal o soberano possa governar. A esse respeito, sua visão é mais autoritária do que a de Hobbes, que acreditava que o povo teria justificativa para se rebelar contra o soberano se temesse por suas vidas ou se sentisse que sua condição não havia se tornado melhor do que seria em um estado de natureza.
No final do Tractatus, Spinoza defende a total liberdade de pensamento e de expressão, alegando que ninguém pode ser forçado a ter um pensamento em vez de outro e que as pessoas devem poder desenvolver seus pensamentos por si mesmas. As pessoas devem poder dizer e publicar o que quiserem, desde que não interfira com o estado. Spinoza encerrou a obra com uma declaração de que é isso que ele pensa e, se o Estado pensar o contrário, ele ficaria feliz em mudar seu texto o que obviamente ele nunca fez.
