A história se passa em um futuro não tão distante entre a década passada até a metade desse século, com fortes fatos ocorridos desde a criação do universo; MONO é uma tecnolofia viva que possui duas formas ao mesmo tempo, "Nave e Robô Capsula". Sua principal função é coletar moedas místicas, essas moedas são fragmentos de um ser muito antigo chamado EPYT que vive em uma dimensão além do cosmo. Para cada certo tipo de fragmentos combinados, ele oferta um desejo em troca. Isso desperta um propósito para a equipe construtora do MONO, fazendo com que eles tentem impedir uma guerra que está prestes a acontecer. Mas o pior acontece e o MONO é o único que poderá resolver isso!