Em 1570, com quase 50 anos de idade, Canísio sentiu a impulso interior de escrever, por gratidão, sobre os bens que recebera de Deus, com Santo Agostinho, Santo Inácio e o beato Fabro. Ainda no fim da vida, em 1597 a 1598, compôs pelo mesmo motivo, a seu Testamento. Deu ao primeiro o título de Confissões, escrito em estilo mais afetivo que representa a primeira Semana dos Exercícios Espirituais, principalmente a meditação do pecado.
