Castellanos Moya nasceu em Tegucigalpa, Honduras, onde estava sua mãe, mas aos quatro anos de idade a família se mudou para El Salvador, terra natal do pai. Lá, ele completou seus estudos primários e secundários no Marista Liceu Salvadorenho, na capital, e depois começou a estudar literatura na Universidade de El Salvador, mas em 1979 os abandonou e partiu para o exterior, primeiro para a Universidade de York de Toronto, no Canadá, e depois para Costa Rica (1980) e México (1981-1992). No México, trabalhou como jornalista na Agência de Imprensa Salvadorenha (Salpress) durante a guerra civil de El Salvador (um país que retornou por um breve período em 1991 com o fracassado projeto de criação de uma revista) e foi editor de jornais. El Día e Excélsior, além de correspondente do jornal hispânico La Opinion em Los Angeles, Califórnia. Foi durante sua estada no país que ele escreveu seu primeiro romance, A diáspora, que em 1988 ganhou o prêmio concedido pela Universidade Centro-Americana "José Simeón Cañas". Em 1992, El Salvador retorna novamente, mas em 1999 ele se mudou para a Espanha: após a publicação de seu romance El asco: Thomas Bernhard em San Salvador (1997), sua mãe recebeu ameaças de morte direcionadas a Castellanos devido ao conteúdo com o qual lida. algumas questões delicadas; em 2001 volta a residir na Cidade do México. Entre 2004 e 2006, ele morou em Frankfurt, a convite do programa Cities of Asylum, e durante 2009 foi pesquisador convidado na Universidade de Tóquio. Ele reside nos Estados Unidos, onde leciona na Universidade de Iowa e é colunista regular da Sampsonia Way Magazine . Ele foi homenageado com prêmios importantes como o Ibero-americana de Narrativa Manuel Rojas, e tem sido um membro de júris literários, como o espanhol americano Concurso de Contos I Gabriel García Márquez (2014) Os avós maternos de Castellanos Moya foram o hondurenho Horacio Moya Posas, advogado e político vinculado ao Partido Nacional e a jornalista e poeta Emma Moya Posa.

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