O médico Theodor Busbeck anda empenhando em descobrir se o horror está aumentando ou diminuindo ao longo da História. Mylia, sua ex-mulher, tem a capacidade de ver a alma e sofre de uma dor lancinante no ventre. Acabou internada num hospício pelo próprio marido. Gomperz, diretor do hospício, mantém uma amizade ambígua com Theodor e desperta cada vez mais ódio em seus pacientes. Kaas tem pernas magras e problemas de dicção. Hanna é uma prostituta que vive com Hinnerk, um ex-combatente que atemoriza as crianças do bairro. Tratando de relações de dominação, desejo, repulsa e agressividade, "Jerusalém" costura a vida desses personagens em direção a um desenlace inesperado. Ocupados em lidar com os limites da sanidade, todos se sentem acossados por um perigo sem nome.