Um homem é encontrado à deriva no mar, com um ferimento à bala na cabeça, em algum lugar do litoral francês, por um barco pesqueiro. Os responsáveis pelo resgate decidem levá-lo à um médico numa ilha próxima onde este acorda dias depois, confuso e com amnésia. O médico que o assiste revela uma descoberta feita durante a cirurgia para retirar o projétil de sua cabeça; um microfilme, implantado sob o couro cabeludo. Juntos, eles descobrem que o microfilme se trata de informação codificada de uma conta em um banco suíço. O médico revela também que encontrou sinais de cirurgia plástica no rosto de seu paciente, com o objetivo de talvez mascarar sua real identidade. Junto a isso, o paciente descobre que sua memória manteve intactos alguns talentos de sua vida passada, quando exigidos, como por exemplo perícia com armas e luta corporal. De posse destas informações, e decidido a desvendar seu passado, o homem parte da ilha, depois que o médico lhe dá suas economias e um passaporte. Já no continente, em Marselha, ele se vê identificado por homens os quais não reconhece devido a amnésia, e que querem tirar sua vida. Foge destes, usando suas excepcionais habilidades.
Depois de publicar O Círculo Matarese, um dos maiores best-sellers de todos os tempos, a Nova Fronteira lançou o romance A Identidade Bourne. Fenômeno, este livro tornou-se também best-seller quando O Círculo Matarese ainda batia todos os recordes de venda.