O enredo da Cidade da Permutação segue a vida de várias pessoas em futuro próximo onde a Terra sofre com os efeitos das mudanças climáticas, a economia e a cultura são amplamente globalizadas e a civilização possui um vasto poder de computação em nuvem. Tal poder de processamento é distribuído internacionalmente e negociado em um mercado público chamado QIPS Exchange (Instruções de Quadrilhões por Segundo, consulte MIPS). Mais importante ainda, essa grande capacidade computacional permitiu a criação de cópias, emulações cerebrais inteiras de seres humanos "escaneados", suficientemente detalhadas para permitir uma experiência consciente subjetiva por parte da emulação. A digitalização tornou-se suficientemente segura e comum para permitir que alguns humanos ricos se permitam criar backups de si mesmos. Contudo, como as cópias ainda não possuem direitos humanos sob as leis de qualquer nação ou organismo internacional, se vêem ameaçadas quando os governos decidem empregar o poder computacional excedente no controle climático. Entra na história Paul Durham, um empreendedor com um conceito radical para garantir a imortalidade da comunidade virtual: criar um novo "universo" autossuficiente e desconectado do nosso, uma "Permutation City".

